Les coronavirus forment une famille comptant un grand nombre de virus qui peuvent provoquer des maladies très diverses chez les humains, allant du rhume au SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère), et également chez l’animal.

Dans l’histoire récente, trois virus du même genre, avec un relai-réservoir animal, ont occasionné des épidémies de syndrome respiratoire sévère. Il s’agit du SARS-CoV, responsable de l’épidémie de 2002-2003 ; du MERS-CoV, qui a émergé́ en 2012 au Moyen-Orient et dont la transmission se poursuit à ce jour ; ainsi que du SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19 ayant émergé́ à Wuhan en Chine en décembre 2019. Les tests de détection du virus utilisés actuellement se font directement sur l’échantillon prélevé chez la personne chez qui l’indication est posée. De rigoureuses précautions édictées par l’OMS sont appliquées durant tout le processus, du prélèvement au résultat.

Prélèvements, expédition et manipulation des prélèvements pour diagnostiquer le coronavirus

Des spécimens provenant des voies respiratoires supérieures (nez et gorge) doivent donc être prélevés. L’écouvillon velouteux est reconnu plus efficace que la tige régulière. Les tiges d’alginate de calcium et de bois sont à proscrire.

Les échantillons ayant été dilués avec du salin 0,9% ou du milieu de transport viral sont adéquats. 

Les crachats remontant des sécrétions bronchiques, les gargarismes de la bouche et les lavages nasals sont tout aussi acceptables. Des cas de résultats négatifs ont été répertoriés lorsque les tests sont effectués trop tôt par rapport à la survenue des premiers signes de la maladie.

Si le test initial est négatif pour un patient chez qui une infection par la COVID-19 est fortement suspectée sur la base des données cliniques et épidémiologiques, de nouveaux spécimens provenant de plusieurs sites des voies respiratoires devraient être reprélevés ou d’autres types de prélèvements comme les urines, les selles etc.

Les échantillons peuvent être conservés au réfrigérateur et expédiés dans un colis contenant des sachets réfrigérants de glace s’ils sont reçus au laboratoire en moins de 72 heures. Sinon, ils doivent être congelés et expédiés sur glace sèche. L’emballage, l’expédition et le transport des échantillons doivent être conformes à des exigences internationales strictes.

Les activités diagnostiques sur échantillons primaires (sang, plasma, sécrétions respiratoires, tissus ou autres liquides biologiques) sans mise en culture virale peuvent être effectuées dans un laboratoire de biosécurité́ approprié.

Deux grands types de tests de diagnostic de l’infection par le coronavirus

 1. Les tests de détection directe du virus

Ils reposent sur la technique de PCR (« polyme-rase chain reaction »). Ce test est réalisé à partir d’un prélèvement biologique, comme décrit plus haut. L’échantillon est analysé en laboratoire afin de rechercher directement la présence du matériel génétique (ARN ou acide ribonucléique) du virus et confirmer ainsi le diagnostic de l’infection. Le délai pour obtenir un résultat avec ce type de test est de trois à huit heures selon les technologies. Le résultat de cet examen est rendu au patient via son médecin prescripteur, avec information aux autorités compétentes pour mise à jour des statistiques nationales.

D’autres tests de détection directe du virus existent, mais restent à être mieux évalués :

• détection d’antigène avec des bandelettes particulières. Leur sensibilité diagnostique est variable ;

• autotests, qui détectent également le génome viral après une amplification

2. Les tests sérologiques

Les tests sérologiques permettent de rechercher la présence dans le sang d’anticorps dirigés contre le coronavirus. Ces anticorps sont appelés immunoglobulines de type M ou G. Ces tests permettent de déterminer si la personne a été infectée par le virus au cours des semaines précédentes. Ces tests ne permettent pas de faire un diagnostic précoce de l’infection puisque la production d’anticorps spécifiques par le système immunitaire prend un certain temps qui peut prendre quelques jours à quelques semaines.

Ce type de test est utile pour étudier la diffusion de l’épidémie dans la population (séroprévalence) et pour accompagner la mise en œuvre des mesures d’atténuation/confinement.

source : seneplus